En el E3 de Mayo Hideo Kojima presentó al publico el nuevo “Metal Gear Portable Ops”, ésta nueva aventura de “Metal Gear” está Ambientada en 1970, seis años después de los eventos de Metal Gear Solid 3, la Unidad FOX se ha vuelto corrupta, tomando el control de una base militar en Sudamérica, donde un nuevo prototipo de arma está siendo desarrollado.

El juego comienza con Big Boss despertándose en una celda de prisión en una base localizada en una ficticia región de Sudamérica, conocida como " La Península de los Muertos". Rápidamente, descubre que la Unidad FOX , sus antiguos camaradas, se han vuelto rebeldes. Han robado una cabeza nuclear de la CIA y planean comenzar un incidente internacional apuntando está a la Unión Soviética. Conoce a un joven Roy Campbell, quien le ayudará a escapar. Comprendiendo que no podrán detener solos a la Unidad , los dos crean su propio equipo de asalto ”FOXHOUND”.

Para esta hazaña, Snake Eater comandará un nuevo grupo de élite los Foxhound, entrenados como grupo antiterrorista y especializados en distintas áreas. 

En este grupo encontraremos los nombres de viejos conocidos como Para-medic, Major Zero o Signit, además de a otros soldados o incluso enemigos, que incluso podremos controlar y conocer su historia.

En palabras de Hideo Kojima (creador de la saga): "el juego tendrá una fuerte conexión con los acontecimientos que van a desarrollarse en Metal Gear Solid 4, explicando muchos hechos y detalles que no tendrán repercusión hasta años después.".