Durante el transcurso del juego, podrás elegir entre 4 personajes, cada uno con sus habilidades y debilidades frente a ciertos elementos, pero solo podrás manejar a uno de ellos. Si encuentras que un campo no es el apropiado para uno, con el joystick podrás cambiar inmediatamente. Cada personaje dispondrá de unos controles propios, lo que es negativo y entorpece la acción.
El personaje dispondrá de un ataque especial, llamado kamui, que consumirá una barra de energia que se llena durante los combates.

En el temario de las armas, cada personaje tendrá un tipo distinto, aparte de que la vida del arma no será infinita, y se irán estropeando hasta que ya no puedan utilizarse.
Las armas tendrán la capacidad de mejorar las habilidades del personaje, por lo que será necesario cambiarlas para poder avanzar en el juego.
Benkei: Es el personaje mas lento del juego, de hecho intentar hacer combos con él llegar a hacerse imposible. Si es lento moviéndose, intentar atacar con el está en un nivel superior. Cuando hace un ataque, debes esperar 2 segundos para volver a hacerlo de nuevo, y esto se aplica a cualquier ataque. En caso de ser derribado, Benkei se toma su tiempo para volverse a levantar.
Shizuka: Es la presencia femenina del juego. Es rápida moviéndose, con un alcance largo de ataque, además de poder golpear a varios a la vez. Es útil si se enfrenta a varios enemigos.
Yoshitsune y Lord Barón: Poco se sabe de ellos por ahora, pero son probablemente los personajes que mejores controles presentan, pero en las batallas en las que los enemigos atacan por varias zonas a la vez ofrecen un control bastante torpe.

Después de esto, solo queda señalar que Genji será el primer juego que podrá ser instalado directamente en el disco duro, reduciendo el tiempo de carga de 15 segundos a 4, lo que supondrá una gran ventaja.